近百年來，中西醫比較說，是個十分風行的話題。堅守中醫壁壘者認為，中醫辨證思維的光輝，理應優於西醫；而崇尚歐化者則提出，當今科學發展日新月異，而中醫則固守傳統，自難取得新的長足發展。以上所爭，雖各自從彼此的比較中得出，但畢竟因帶有強烈的感情色彩，故難得客觀公正的評判。
若要客觀公正地評判、比較中西醫的異同，自有諸多不同角度可供選擇。然而，比較切實且為多數人所接受的，通常仍得從生理與病理，辨證與辨病，藥物與治療等方面加以考察。
在生理上，西醫的優勢在於從五臟六腑、血液神經、肌肉骨骼等客觀功能上，進行客觀細緻的科學研究與分析。從這一點看，中醫則與之相去較遠。雖說中醫也有解剖，且起源極早，如古代醫學巨著《靈樞·經水》就曾言：「若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而視之，其臟之堅脆，腑之大小，各之多少，脈之長短，血之清濁，氣之多少……皆有大數。」但中醫並未沿解剖研究的方向發展自己的中醫理論，而是有其獨特的抽象生理模型。因此，中醫解釋心的功能，可超出心的範圍；解釋肝的功能，可超乎肝的個體。中醫的藏象學說，是在解剖生理理論基礎上的進一步綜合。
就病理而言，西醫認為有器質性與功能性之別，且注重追查實際病根。如心悸不適，西醫就必先分析其為功能性，還是心臟器官本身出了問題。此外，還極為重視微生物如細菌毒素所引起的人體病理反應。而中醫則從綜合思辨的角度，將人體一切病理變化納入「病機十九條」的範疇中。其後，臨床醫學對此又有較多發展補充，如陰陽失調、邪正相爭、氣血津液失調等。其中尤以陰陽失調為最基本的病機。
在健康狀態下，人體處於「陰平陽秘」的相對穩定狀態。一旦這種穩定狀態遭到破壞，人體便進入病理狀態。例如同一咳嗽：碰到西醫，必先明確是上呼吸道感染、氣管炎，還是肺結核病，甚至肺癌等；而中醫則辨明其為外感或內傷，如屬外感，又有風寒、風熱之別；如屬內傷，則有肺虛、腎虧，甚或有「五臟六腑皆令人咳」之說。再如頭暈：西醫必定先辨明是高血壓、貧血、神經衰弱，還是腦中生有其他疾病，方始用藥；而中醫則辨證為血虛、腎虧、肝風……等。
毋庸諱言，辨證施治雖有其長處，然借鑒西醫現代化的診斷設備，更能彌補中醫辨證的不足，因而早已引入中醫臨床中。譬如中醫碰上某些必須借助西醫現代診斷手段的病例，實際上同樣毫無例外地採用透視、化驗等方法。
談到藥物與治療，西醫所用多為化學合成品，而中醫則以天然藥物為主。從目前看，西藥的優點在於方便，長於急救；中藥的優點在於處方加減靈活，長於調養。當然，這種比較只是相對而言，如中藥製成成藥服用，也很方便，且對某些急性病亦有良好療效。
以上中西醫比較，僅就現象而言。若再深入一步，不難發現，兩者形式雖異，但治病救人的目的卻一致。毋庸諱言，中醫獨特的理論體系與西醫有著很大差異，但兩者都能治癒疾病，都是科學。這一點，二十世紀的科學巨人愛因斯坦看得十分透徹。1953年，愛因斯坦在給美國加州聖馬托的J·E·斯威策的回信中說：「西方科學的發展是以兩大偉大成就為基礎，那就是：希臘哲學家發明形式邏輯體系（在歐幾里得幾何學中），以及透過系統性實驗發現有可能找出因果關係（在文藝復興時期）。在我看來，中國的賢哲沒有走上這兩步，那是用不著驚訝的，令人驚訝的倒是這些發現（在中国）全都做出来了。」
當中國醫學在世界散發其燦爛光芒的同時，受限於當時自然科學的水平，直到十八世紀，西醫在許多領域尚無法與中醫同日而語。著名的科技史專家李約瑟博士說：「中國古代和中古時代的醫生與技士的本領，比大多數漢學家願意承認的強得多」，絕非溢美之詞。
「江山代有才人出，各領風騷數百年」。隨著自然科學的發展，強調「結構決定功能」，重視考察組織結構，並以實驗與分析結構為主的西醫學，憑藉化學、物理學及顯微鏡等各種儀器的協助，逐步顯現出強大的生命力。
那麼，在現代科技日新月異的情況下，中醫的優勢是否已蕩然無存？回答當然是否定的。從整體來看，在整體的醫學模式、獨特的理論體系、靈活的辨證方法、特殊的治療手段、科學的藥物配伍等方面，中醫藥學至今仍具有西醫西藥無法取代的優勢。
以臨床而言，現代醫學感到棘手的某些常見病、危重病與難治性疾病，如病毒感染病、免疫性疾病、內分泌疾病、心腦血管病、哮喘、慢性肝腎疾病、膠原性疾病、神經系統病後遺症、衰老及老年病、再生障礙性貧血、晚期癌症等，採用中藥物及針灸、氣功、推拿、火罐等特殊治療手段，每每能取得滿意療效，這使國內外醫藥界人士更寄厚望於中醫藥學。
實踐證明，理論體系完全不同的中西醫學，並無絕對的優劣高下之分，雙方各有其科學性與合理性，但又都不是盡善盡美的。若說中醫學缺乏分析定量與實驗，那麼西醫學則有機械唯物論與缺乏整體統一性的遺憾。
西方科學與中國文化對整體性、協和性的理解的良好結合，將導致新的自然哲學與自然觀。而這個理想體現在醫學上，顯然就是未來中醫現代化的方向。
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