近代中醫教育的發展大體可以分為三個階段。
第一階段晚清時期，從清同治元年（1862年）京師開設同文館、太醫院教習廳復設醫學館，至光緒末年各地出現的中醫社團組織，為官辦醫學教育延續及民辦中醫教育之興起。
第二階段北洋政府時期，從民國二年（1913年）神州醫藥總會晉京懇請提倡中醫中藥、准予另設中醫藥專門學校，1925年全國教育聯合會議決請教育部明定中醫課程並列入醫學教育規程案，為我國中醫界申請辦學立案成功開始。
第三階段民國時期，從1929年至1949年，那是我國中醫界在艱難困苦的歷程中堅持學校教育、興辦發展學校教育，闖出了一條教育自立的道路，成為中醫近代史光輝篇章之一。
近代中醫教育，當然還包括傳統的以師帶徒教育，其與中醫院校教育並存互為補充發展，在近代中醫教育史上仍佔居一定位置。
光緒24年（1898年）期間，設立醫學堂，歸大學堂兼轄。變法失敗，一切“新政”均被推翻，獨京師大學堂獲得保存，及至光緒28年（1902年）春張百熙擬《欽定京師大學堂章程》，大學專門分科課目中，醫術列於第七，下分醫學及藥學兩目。
京師大學堂為適合醫學專門教育需要，旋於1903年規畫一醫學館。
光緒33年（1907年）將京師醫學館改為京師醫學專門學堂，中西學科肄業，各以深造有得，切於實用為宗旨，其應如何補習普通偏設課程，酌定年限，由學部遴員詳議。但由於當時我國無論是中醫教育或西醫教育，都缺乏辦學經驗，學部無法具體釐定各門科目教學規程，遂將京師醫學專門學堂學生全部送日本學習，朝廷官辦中醫教育至此暫停。
我國近代史上民間最早出現的中醫辦學機構，是浙江省瑞安縣利濟醫學堂。利濟醫學堂創建於清光緒十一年（1885年），主辦人陳虬，字志三，號蟄廬，樂清人，1885年集同志建院於浙江溫州府瑞安城東，實欲借學堂為造就人材之地（林乾良：我國近代早期的中醫學校，中華遠史雜誌，1980，10(2)：90）。
1912年醫學求益社改名醫學衛生社，宗旨更加明確；“聯絡醫界團體，振興醫務教育”。（廣州醫學求益社卷，廣州十七甫懷驛關東雅面印本，1914），1917年該社衍生“廣東中醫教員養成所”，1918年原求益社同人又創辦“廣東醫學實習館”，直至1924年，全部歸併入廣東光漢中醫專門學校。由此可見，近代中醫院校實際上誕生於中醫藥社團組織，而中醫藥社團組織為謀求自身集團利益又必須創辦發展自己的教育事業，培養一批能為該集團利益服務的專門人才。
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