近代において疾患に対する認識が深まり、新たな臨床経験が蓄積されるにつれ、治療法は多様化し、辨証論治の主要な道具である方剤学もさらに発展した。その主な特徴は、方剤学理論研究の深化、大型方書の継続的な整理・編纂、単方・効方・秘方の収集・整理が顕著になったことにある。多くの医家が中医学の発展を模索する中で、近代西医学の知識を取り入れ、中西医を統合した効方を収録した著作を編纂し、方剤学の面から中西医の融合に初步的な試みを行った。
この時期の方剤学研究の特徴は「博覧から簡約へ」、理論研究の深化にある。代表的な著作は以下の通り：
1、費伯雄『医方論』
1865年に著された。費氏は『医方集解』に記載された方薬について詳細に評論し、その中で費氏の方剤学理論研究に関する見解と成果が示されている。作者は辨証論治を強調し、方薬の乱用を反対している。彼の評論は、後世の方剤理論の深く学ぶこと、正しい制方の方法および臨床応用を掌握することに高い価値を持つ。
2、蔣方芳『時方論』
この方書は簡明実用的な教本であり、当時の優れた方論著作でもある。『時方論』は主たる理論的内容を説明しており、87の例（方）を列挙し、方論と緊密に結びついており、論述は簡潔かつ透徹である。
百年間にわたり、多くの医家が古今の方書の整理・編纂に長年取り組み、顕著な成果を上げている。初期には文晟が『医方十種汇編』を編集した。
その後、大規模な総括的方書が次々と出現した。例えば曹繩彦『古今名医万方類編』、呉克潜『古今医方集成』、察随仙『中国医药汇海・方剤部』などがあり、中西医を融合する著作もいくつか存在した。
この時期、単方・秘方・効方の収集は顕著な成果を上げており、不完全な統計によれば、これまでに編纂・刊行された方書は約300種に達している。そのうち、広く流通し特色のある著作も複数存在する。
1、鮑相璈『驗方新編』
1846年春に編集完成。全書約92門（部）で、各病状の下に単方・効方を附記し、合計3240余りの方を収録。価格安価、入手容易、効果確実を原則として、方薬の安定性を重視している。
2、王士雄『四科簡效方』
王士雄は常に単方・効方の収集に注力しており、1845年に『四科簡效方』を編集した。これは僻地や医療資源が乏しい地域での診療に便利なように設計されたものである。その他にも、龚自家ら『医方易簡新編』、黄伯垂『經驗良方大全』、楊馥焦・潘之偉『經驗秘方』、李克蕙『驗方輯要』などがある。
この時期には、中西医を融合する方書も多数存在し、丁福保『中西医方会通』、陳繼武『中西驗方新編』、唐川『六經方證中西通解』などが挙げられる。
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