由於近代對疾病的认识不斷深入，新的經驗不斷豐富，治療方法漸趨多樣化，作為辨證論治的主要工具的方劑學也隨之而得到了進一步的發展。主要表現在對方劑學理論研究的不斷深化，大型方書的繼續整理和編纂，單方、驗方、秘方的匯編整理工作更為突出。不少醫家在努力探索中醫學發展的同時，吸收了一些近代西醫藥學的知識，編寫出一些匯集中西醫的驗方著作，從方劑學方面為中西醫的匯通做了初步嘗試。
這一時期方劑學研究的特點是由博返約，向理論研究深化。較有代表性的著作如下：
1、費伯雄《醫方論》
費伯雄著於1865年，費氏針對《醫方集解》所載方藥詳加評論，從中反映出費氏在方劑學理論研究方面的見解和成就。作者強調辨證論治，反對濫用方藥。他的評述對後世深入學習方劑理論，正確掌握制方之法及臨床用途，具有較高價值。
2、蔣方芳《時方論》
該方不僅是一部簡明實用的教本，也是當時較好的方論著作。《時方論》以闡述主理為主要内容，所列87方(例案)，方論緊密結合，論述簡明透徹。
近百年來，不少醫家長期致力於整理編纂古今方書，取得較突出的成就，較早的有文晟輯《醫方十種彙編》。
在此之後，出現了多種大部頭的總結性方書，如曹繩彥《古今名醫萬方類編》、吳克潛《古今醫方集成》、察隨仙《中國醫藥匯海·方劑部》等等，並有一些溝通中西醫的著作。
這一時期，單方、秘方、驗方的收集取得較突出的成就，據不完全統計，先後編纂刊印的各種方書約達300種，其中有一些流傳較廣和有特色的著作。
1、鮑相璈《驗方新編》
於1846年仲春彙編成。全書約92門(部)，各病症下附有單方、驗方，共收3240餘方。以價廉、易得、有效為原則，力求方藥穩妥。
2、王士雄《四科簡效方》
王士雄一向重視收集單方、驗方，1845年輯《四科簡效方》以便於窮鄉僻壤、無醫少藥之地查用；此外尚有龔自家居等《醫方易簡新編》；黃伯垂《經驗良方大全》；楊馥焦、潘之偉《經驗秘方》；李克蕙《驗方輯要》等。
此期還有不少匯通方書，如丁福保《中西醫方會通》、陳繼武《中西驗方新編》以及唐川《六經方證中西通解》等。
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